Die Durchfahrt des 81,6 km langen Kanals dauert 8 – 10 Stunden. Für diese Fahrt ist ein Lotse erforderlich, der meist kurz vorher an Bord kommt. Besonders beeindruckend ist die Fahrt durch die Schleusen. Davon gibt es mehrere: die Gatun-, die Pedro-Miguel- und die Miraflores-Schleusen. Erlebnisreich ist der Übergang zum Gatunsee. Um auf den Stausee zu kommen, muss das Schiff 26 Meter hochgeschleust und anschließend wieder abgesenkt werden. Dabei gibt es meist zahlreiche Zuschauer. Aber nicht nur das Durchqueren der Schleusen ist ein Erlebnis, auch die abwechslungsreiche Landschaft entlang des Panama-Kanals ist sehenswert. Die Schiffsreisen führen vorbei an grünen Dschungellandschaften, unbewohnten Inseln und durch enge Kalksteinschluchten. Die schmalste Stelle ist der Gaillard-Kanal.
Bei einer Kreuzfahrt werden natürlich mehrere Häfen in der Umgebung des Panamakanal angesteuert. Es gibt viele verschiedene Routen. Häufige Starthäfen sind Fort Lauderdale und Miami im Atlantischen Ozean oder Los Angeles und San Diego, wenn die Reise im Pazifik beginnt. Da sich der südliche Eingang des Panama-Kanals in Panama City befindet, gehört die Hauptstadt meist zu den Ausflugszielen bei den Schiffsreisen. Meist werden einige Karibikinseln angesteuert, wie Aruba. Auch die Bahamas und Länder wie Costa Rica, Mexico und Kolumbien stehen oft auf dem Reiseprogramm. Die Kreuzfahrtstrecke ist sehr abwechslungsreich.